A tomada de contas especial deve ser encaminhada ao Tribunal de Contas da União – TCU, em até cento e oitenta dias, a contar do término do exercício financeiro em que foi instaurada. Há possibilidade de prorrogação desse prazo mediante pedido de dilação temporal a ser encaminhado ao Tribunal, devidamente justificado e subscrito pela autoridade competente para fazê-lo.

O descumprimento dos prazos caracteriza grave infração à norma legal e sujeita a autoridade administrativa omissa às sanções legais.