O Tribunal de Contas da União – TCU encontrou uma série de irregularidades na Tomada de Contas Especial de ex-servidores da Universidade Federal de Roraima. O processo avaliou o exercício de 2004 e as contas foram aprovadas com ressalvas. O Tribunal destacou o relatório de auditoria elaborado pela Controladoria-Geral da União em que são destacadas diversas ocorrências, como, por exemplo:

a)      “[…] licitação para a construção de uma área maior do que a prevista no Plano de Trabalho sem solicitação prévia do convenente […] ao concedente […]”;

b)     “[…] realização de licitação na modalidade convite, sem a participação de no mínimo 3(três) empresas habilitadas  […]”;

c)      “[…] julgamento de proposta de preços em desacordo com o edital de licitação e descumprimento do art. 41 da Lei nº 8.666/1993 […]”;

d)    “[…]contratação mediante convênios entre a Fundação Universidade Federal de Rondônia e a Fundação Rio Madeira fora dos casos previstos na Lei nº 8.958/1994 […]”;

Além disso, a CGU encontrou diversas falhas na gestão da universidade, como impropriedades no pagamento de diárias, na análise dos registros funcionais, na autorização de movimentação de servidores, nos controles patrimoniais, no uso indevido de recursos de suprimento, entre outras.